Luego de haber fallado tantas veces y ver

frustrados sus planes por culpa de Mega Man, el

Dr. Wily decide, utilizando la tecnología

de la Espumadera del Tiempo que robó

relativamente hace poco,​ construir su propia

máquina del tiempo. El Dr. Wily se teletransporta

al pasado restaurando a todos sus robots

derrotados y comienza a causar caos al alterar el pasado. El Dr. Light, preocupado de que Wily al fin completara sus ambiciones, elabora a toda prisa una máquina de tiempo experimental para Mega Man,​ quien es enviado al

pasado y tiene que volver a vivir las 3 primeras guerras que ocasionó el Dr. Wily

y restablecer la continuidad del tiempo.