Al participar en un experimento, Freeman involuntariamente abre un agujero interdimensional a un mundo paralelo, Xen, poblado por criaturas extraterrestres (los más conocidos son los Vortigaunts o «esclavos»).

Los Extraterrestres destruyen el centro y atacan brutalmente a su personal. La sala de pruebas donde estaba Freeman se destruye parcialmente por la secuencia de resonancias, pero consigue escapar de allí gracias al traje de protección (HEV MARK IV). Tras recuperarse de un breve desmayo después de haber sido atrapado en una tormenta de portales, tendrá que hacer frente a las consecuencias imprevistas del experimento.